Мольтер — автор более 600 сочинений: трёх опер, 14 кантат, 169 симфоний, а также многочисленных концертов, среди которых выделяются концерты для трубы и четыре концерта для кларнета, считающиеся первыми сольными сочинениями для этого инструмента, концерт для рекордера (блок-флейты); концерт для кларнета, двух скрипок, альта и basso continuo; «концерты для четырёх» (трубы, двух гобоев и фагота); концерт для виолончели и другие произведения.